Η Σχολή Επιστήμης Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών προσφέρει στους φοιτητές δύο Μεταπτυχιακά Προγράμματα, τα οποία λειτουργούν χωρίς δίδακτρα:
Η παρακολούθηση μαθημάτων, εργαστηρίων και υπαίθριων δραστηριοτήτων είναι υποχρεωτική. Κάθε έτος στο τέλος της Άνοιξης προκηρύσσονται και από τα δύο προγράμματα θέσεις υποψηφίων μεταπτυχιακών φοιτητών ανά γνωστικό αντικείμενο. Η εισαγωγή και στα δύο προγράμματα γίνεται με αξιοκρατικά, αντικειμενικά κριτήρια. Τα αποτελέσματα της εισαγωγικής διαδικασίας εγκρίνονται από τις συντονιστικές επιτροπές των Προγραμμάτων και τη Γενική Συνέλευση Ειδικής Σύνθεσης της Σχολής και γνωστοποιούνται στους υποψηφίους το μήνα Σεπτέμβρη. Τα μαθήματα άρχονται τις πρώτες ημέρες του Οκτωβρίου. Το ακαδημαϊκό έτος είναι οργανωμένο σε δύο εξάμηνα.